Odsjek ostvaruje suradnju s brojnim znanstvenim institucijama od kojih treba istaknuti

Zavod za povijesne i društvene znanosti HAZU u Rijeci

Odsjek za povijesne znanosti HAZU Zagreb

Državni arhiv u Rijeci i Pazinu

Pomorski i povijesni muzej Hrvatskog primorja Rijeka

Također, Odsjek surađuje i sa stranim institucijama kao što su Sveučilište u Regensburgu i Sweet Briar college (Virginia, SAD). Djelatnici Odsjeka i studenti bili su uključeni u brojne Erasmus razmjene na području Europe.

Odsjek je od 2019. godine jedan od osnivača i partnera pri Centro internazionale di studi sulla storia e l’archeologia dell’Adriatico - CISA s administrativnim sjedištem na Dipartimento di Studi Umanistici dell Università degli Studi di Macerata.